Sau khi tái lập tỉnh năm 1997, thị xã Phủ Lý đã nỗ lực phấn đấu, đẩy mạnh phát triển kinh tế-xã hội, tiến hành quy hoạch để chính thức trở thành đô thị loại 3 vào ngày 01 tháng 01 năm 2007 và trở thành thành phố trực thuộc tỉnh Hà Nam vào ngày 09 tháng 6 năm 2008 theo nghị định 72/2008/NĐ-CP. Đây là sự kiện rất quan trọng đánh dấu sự phát triển của một thành phố trẻ.

Từ nay đến năm 2010, UBND tỉnh Hà Nam dự kiến xây dựng ớ Phủ Lý hai cụm công nghiệp là Khu công nghiệp Châu Sơn (quy mô diện tích tối đa khoảng 300 ha, giai đoạn đầu 80-100 ha; dự kiến bố trí các ngành công nghiệp hậu xi măng và dịch vụ cho xi măng: sản xuất bao bì dệt may, sản xuất vật liệu xây dựng từ xi măng và vật liệu xây dựng cao cấp); Khu công nghiệp Thanh Châu (quy mô diện tích 60 - 80 ha, giai đoạn đầu 35 - 40 ha; dự kiến bố trí các ngành công nghiệp sạch: may mặc, đồ gia dụng. chế biến thực phẩm, cơ khí, chế tạo và cơ khí phục vụ giao thông...).